Сегодня столкнулся с такой проблемой: после настройки и первого запуска почтового клиента "Evolution" с ящика на mail.ru удалились все входящие сообщения. Evolution как бы "выкачал" с сервера все письма. Решение проблемы:
Правка -> Параметры -> Учётные записи -> Правка -> Параметры получения -> -> Оставлять сообщения на сервере
А ещё лучше бы было настроить это при создании учётной записи.